A livello di club ha ottenuto grandi successi con Alianza Lima (Perù) e Atletico Nacional (Colombia), risultando uno dei calciatori più rappresentativi delle due squadre.
Nel 1977, insieme agli altri due calciatori peruviani Teófilo Cubillas e Hugo Sotil, forma un trio offensivo formidabile. Con loro, la squadra aliancista gioca 87 partite (segnando 178 reti) e vince 2 titoli nazionali (1977 e 1978). Nel 1978 raggiunge la semifinale della Copa Libertadores e la squadra segna 28 reti in 10 partite.
Nel 1984 viene acquistato dall'América de Cali e vince subito il campionato colombiano giocando come capitano della squadra. Nel 1985, alla sua seconda stagione con la maglia rossa, subisce un grave infortunio: la rottura dei legamenti del ginocchio destro, che lo costringerà a uno stop di circa 9 mesi. Dopo l'infortunio Cueto continua a giocare per altri due anni, con il Deportivo Pereira e il Cúcuta Deportivo Fútbol Club.
Nel 1988 torna in patria e decide di ritirarsi dall'attività agonistica.