È gemella di Matilde Villa. Come la sorella, a 6 anni inizia a praticare il minibasket in una squadra locale, nella quale giocava già il fratello maggiore Edoardo. Cresce nelle giovanili del Basket Costa, che Eleonora considera la sua seconda famiglia e casa. Fa il suo debutto assoluto in prima squadra e in Serie A1 il 4 marzo 2020 nella sconfitta interna per 65-95 contro Ragusa giocando quasi 10 minuti.[1] Nella stagione successiva in Serie A1 si fa notare per i 14 punti segnati da 6/11 al tiro nel match contro la Virtus Bologna.[2]
Con il trasferimento di sua sorella alla Reyer Venezia, Eleonora continua a giocare con Costa Masnaga e nella Serie A2 2022-2023 sotto la guida di coach Paolo Seletti diventa un punto riferimento importante per le brianzole segnando un high personale di 31 punti con 7 triple su 9 tentativi nella vittoria su Treviso.[3] Villa mette medie eccellenti: 13.4 punti, 2.1 rimbalzi, 1.3 recuperi e 2.5 assist.