Münch era il fratello del direttore d'orchestra Eugen Münch e zio del direttore d'orchestra Hans Münch. Suo figlio Charles fu un direttore d'orchestra e violinista che collaborò per lungo tempo con la Boston Symphony Orchestra. Sua figlia Emma sposò Paul Schweitzer, fratello di Albert Schweitzer. Suo figlio Fritz Münch gli succedette come direttore del Wilhelmer Choir e fu direttore del conservatorio di Strasburgo per molti anni.
Bibliografia
Albert Schweitzer: Memories of Ernst Münch (1945). In: Essays on Music, ed. Stefan Hanheide, Bärenreiter-Verlag, Kassel and Basel, 1988, ISBN 3-7618-0920-4, p. 185-194.