Finita la guerra nel 1945, fu assegnato all'ufficio politico della Questura di Roma[5], di cui negli anni '50 divenne dirigente.
In seguito diventò sovrintendente alla Segreteria speciale Patto Atlantico, l'anello di congiunzione dell'Italia con la NATO e gli Stati Uniti. Nel 1957 fu trasferito alla questura di Firenze, dal ministro dell'interno Fernando Tambroni.
Promosso questore, divenne vice direttore degli Affari riservati nel 1969 e ne fu direttore dal novembre 1971 al 1974. Gli anni, dal 1969 al 1974, sono quelli in cui si precisa la cosiddetta "strategia della tensione e degli opposti estremismi". Nella primavera del 1972 l'ufficio viene ridenominato SIGSI.
Fu rimosso nel maggio 1974 dal ministro dell'interno Paolo Emilio Taviani, due giorni dopo la Strage di Piazza della Loggia, ma, promosso dirigente generale di Polizia, fu inviato a dirigere la Polizia di frontiera. Continuò ad avere grande influenza sull'ufficio fino alla sua chiusura nel 1978[2]. Nel 1981 risultò iscritto alla P2 di Licio Gelli, con la tessera 1643, ma del quale disse «politicamente, un cretino. Come si fa a dire che uno così doveva fare un golpe?». Andò in pensione dalla polizia nel 1984.
Alla sua morte nel 1996, dopo i funerali, il giudice Carlo Mastelloni perquisì la sua casa in via Cimarosa a Roma. Già nel novembre 1995 il giudice Pietro Saviotti aveva disposto una perquisizione della casa e sequestrati documenti.
Il 17 agosto 1996Aldo Giannuli, esperto nominato dal giudice Guido Salvini, ritrovò in una palazzina in circonvallazione Appia circa 150.000 fascicoli non catalogati, contenenti documenti ed altro materiale, come per esempio il quadrante del timer utilizzato per l’attentato del 9 agosto 1969 sul treno Pescara-Roma. Si trattava di una sorta di archivio parallelo del Viminale, nel quale furono reperti legati all’attività di spionaggio interno: un archivio segreto[8] che non venne distrutto ma depositato alla rinfusa in una sorta di magazzino[9]. Per il Ministro dell'interno dell'epoca, "si tratta di materiale abbandonato e rimosso, non solo non in trattazione ordinaria e normalmente non frequentato, ma totalmente lasciato là anche con il rischio che una parte di esso marcisse: questo è il punto più grave"[10].
Procedimenti giudiziari e giudizio storico
Federico Umberto D'Amato è stato accusato di aver svolto un'intensa attività di depistaggio delle indagini sull’eversione di destra e nella copertura dei responsabili delle stragi di quegli anni[11][12].
Secondo l'ex leader di Lotta ContinuaAdriano Sofri, nei primi anni Settanta un dirigente dell'Ufficio affari riservati gli avrebbe proposto di agire insieme (una sorta di prassi di infiltrazione) facendogli capire che voleva compiere un omicidio, cosa rifiutata da Sofri[13].
Vedovo e senza figli, Federico Umberto D'Amato ha vissuto nel quartiere Parioli di Roma insieme alla sua segretaria personale. Alcuni suoi colleghi gastronomi alle guide de L'Espresso, come Edoardo Raspelli e Luigi Cremona, in un'intervista del 2021[14] lo hanno descritto come un uomo umanamente simpatico e alla mano, nonché come un grande esperto di cucina e di distillati. I due, tuttavia, hanno anche messo in luce come D'Amato fosse solito schedare e prendere informazioni anche sui suoi colleghi gastronomi. Raspelli, nello specifico, ha raccontato di quando l'ex direttore dell'Ufficio Affari Riservati si era fatto consegnare il fascicolo giudiziario sul proprio conto alla ricerca di eventuali notizie compromettenti.
Onorificenze
Fu insignito di una medaglia della CIA (la Bronze Star)[15], una del Congresso degli Stati Uniti (la Medal of Freedom)[15] e una della Legion d'Onore francese.
