Contribuì in modo determinante alla realizzazione del Reale Museo di fisica e storia naturale, che diresse fino al 1805. Il museo fu inaugurato presso Palazzo Torrigiani a Firenze nel 1775. È in questo periodo che Fontana si interessò di veleni e si dedicò allo studio dei movimenti oculari.
Viaggi
Dal 1775 al 1780 Fontana fece molti viaggi in Europa. Nel 1775 pubblicò un trattato, Ricerche fisiche sopra l'aria fissa, sul diossido di carbonio (in opposizione, tra gli altri, alle teorie di Torbern Bergman) e nel 1779-1780 condusse importanti ricerche sul curaro.
Nel 1779 pubblicò presso The London Royal Society due trattati di chimica: Experiments and observations on the inflammable air breathed by various animals e Account of the airs extracted from different kinds of water.
Nel 1783 pubblicò Principi generali della solidità e della fluidità dé corpi, in cui sostenne che la materia era soggetta a due forze newtoniane, una attraente ed una espansiva.
Massone, fu membro della prestigiosa Loggia Les Neufs Soeurs (Le Nove Sorelle, cioè le nove muse) di Parigi, appartenente al Grande Oriente di Francia, nella quale fu iniziato Voltaire e che ebbe Benjamin Franklin come Maestro venerabile[1].
Opere
Dei moti dell'iride (Lucca, 1765)
Nuove osservazioni sopra i globetti rossi del sangue (1766)
De irritabilitatis legibus... (1767)
Ricerche fisiche sopra il veleno della vipera (Lucca, 1767)
Descrizione ed uso di alcuni stromenti per misurare la salubrità dell'aria (Firenze, 1775)