La prima squadra cittadina è fondata nel 1903 col nome di Kassai AC (abbreviazione dall'ungherese Kassai Atlétikai Club; in slovacco il club è Košický Atletický Klub). I colori sociali della società sono il blu e il giallo. Nel 1909 il club vince il campionato ungherese, prima di partecipare a un torneo di una regione slovacca tra il 1935 e il 1938. Nella stagione 1939-1940 il club partecipa al campionato di prima divisione ungherese. In seguito alla seconda guerra mondiale, i tre club cittadini, il Kassai AC, il Kassai Törekvés e il ČsŠK si fusero in un'unica società, denominata Jednota Košice. La nuova squadra comincia a giocare nel campionato cecoslovacco dal 1945. Alla sua prima stagione termina il campionato al quarto posto nel gruppo B.
I due volte campioni di Slovacchia (1997, 1998) furono relegati fuori dalla massima divisione nel 2003, dopo la vendita del club ad un gruppo di italiani, nel 2001, da parte del vecchio proprietario, il magnate dell'acciaio (VSZ) Alexander Rezeš, fallito. Anche se il sogno di Rezeš di far diventare il Košice una grande squadra europea non si è mai realizzato, egli riuscì a portare una squadra di secondo piano alla fase a gironi della Champions League nel 1997-98, pur perdendo tutte le partite. Tuttavia nel corso dell'anno successivo non fu possibile ripetere il passaggio del preliminare né difendere il titolo nazionale, complice anche il cambio di governo in Slovacchia che minò la posizione di Rezeš (che era Ministro dell'economia del governo Mečiar fra il '94 e il '97) e che rappresentò l'inizio della fine dei "milionari".
Sull'orlo del collasso finanziario e relegati in seconda divisione, i proprietari del Košice ricevettero un'offerta d'aiuto da parte del presidente della Steel Trans Licartovce, una delle favorite per la promozione. La Steel Trans pagò per lo stadio Čermel nel quale il Košice (ora sotto l'ala protettiva del Licartovce) gioca ora le sue partite.
Il 17 giugno 2005 il club è stato rinominato MFK Košice, dopo l'unione con il FC Steel Trans Licartovce. A fine stagione, ottengono la promozione in prima lega.
Nella stagione 2008-2009 riescono a qualificarsi per la UEFA Europa League. Al quarto turno di play-off di Uefa Europa League è stato eliminato dalla Roma, pareggiando 3-3 in casa e perdendo 7-1 allo Stadio Olimpico.
