Haugen è nata e cresciuta a Iowa City, Iowa, dove ha frequentato la Horn Elementary e la Northwest Junior High School, e si è diplomata alla Iowa City West High School nel 2002.[1][2] Suo padre era medico e sua madre divenne sacerdote episcopaliano dopo una carriera accademica.
Dopo essersi laureata, Haugen è stata assunta da Google e ha lavorato su Google Ads, Google Book Search e su Google+. In Google, Haugen è stata coautrice di un brevetto per un metodo per regolare il ranking dei risultati di ricerca.[4] Ha affermato di essere stata una co-fondatrice dell'app desktop di appuntamenti Secret Agent Cupid, precursore dell'app mobile Hinge.[3][5]
Nel 2015 ha iniziato a lavorare come data product manager presso Yelp per migliorare la ricerca utilizzando il riconoscimento delle immagini e, dopo un anno, è passata a Pinterest. Nel 2018, quando Facebook ha reclutato Haugen, ha espresso interesse per un ruolo legato alla disinformazione e nel 2019 è diventata product manager nel dipartimento di integrità civica di Facebook. Mentre lavorava in Facebook, ha deciso di diventare whistleblower, facendo rivelazioni riguardo ciò che ha descritto come un modello che dà la priorità al profitto rispetto alla sicurezza pubblica, e ha lasciato il proprio incarico nel maggio 2021. Nella primavera del 2021, ha contattato John Tye, fondatore dello studio legale senza scopo di lucroWhistleblower Aid, per chiedere aiuto, e Tye ha accettato di rappresentarla e di aiutarla a proteggere il suo anonimato. Alla fine dell'estate del 2021, iniziò a incontrare i membri del Congresso degli Stati Uniti, tra cui il senatore Richard Blumenthal e la senatrice Marsha Blackburn.
A partire da settembre 2021, il Wall Street Journal ha pubblicato The Facebook Files, "basato su una revisione dei documenti interni di Facebook, inclusi rapporti di ricerca, discussioni online dei dipendenti e bozze di presentazioni per il senior management".[6] L'indagine è una serie in più parti, con nove rapporti, tra i quali: un esame delle esenzioni per gli utenti di alto profilo, l'impatto sui giovani, l'impatto delle modifiche dell'algoritmo del 2018, le debolezze nella risposta al traffico di esseri umani e ai cartelli della droga, la disinformazione sui vaccini, e la raccolta dei documenti a sostegno delle relazioni investigative.
Haugen ha rivelato la sua identità di whistleblower quando è apparsa su 60 Minutes (trasmissione della BBC) il 3 ottobre 2021. Durante l'intervista, Haugen ha discusso del programma Facebook noto come Integrità civica, che aveva lo scopo di arginare la disinformazione e altre minacce alla sicurezza elettorale. Il programma è stato sciolto dopo le elezioni del 2020, sulla quale Haugen ha detto che "per me sembra davvero un tradimento della democrazia" e che secondo lei ha contribuito all'attacco al Campidoglio degli Stati Uniti del 2021.[7] Haugen ha anche affermato: "La cosa che ho visto su Facebook più e più volte era che c'erano conflitti di interesse tra ciò che era buono per il pubblico e ciò che era buono per Facebook. E Facebook, più e più volte, ha scelto di ottimizzare per i propri interessi su come fare più soldi".