Zanotti pensò di applicare alle idee la teoria dell'attrazione di Newton, e in proposito scrisse un opuscolo (che finse di tradurre dal francese): Della forza attrattiva delle idee (1747). Scrisse anche una Filosofia morale (1754), essenzialmente una sintesi dell'etica di Aristotele. Tra le opere epistemologiche la principale è Della forza dei corpi che chiamiamo viva (1752), che si inserisce in una questione vivacemente dibattuta tra seguaci di Leibniz e di Cartesio. Nel De viribus centralibus (1762) Zanotti espone secondo una prospettiva relativamente originale la teoria newtoniana dell'attrazione.
Zanotti scrisse molte altre opere, tra cui saggi di poetica, composizioni in versi, un Ragionamento sopra la filosofia, Paradossi e un Epistolario.
Fortuna
Uno dei principali motivi di interesse della figura di Zanotti è la grande fortuna che ebbe in Italia nella prima metà dell'Ottocento.
Su molti argomenti era considerato una fonte autorevole, come testimonia, ad esempio, Leopardi, che incluse vari passi di Zanotti nella sua celebre Crestomazia italiana della prosa. Il Fantuzzi ne scrisse una biografia.
Miriam Luigia Binda, La forza attrattiva delle idee tra scienza, fede e poesia. Introduzione al pensiero di Francesco Maria Zanotti Cavazzoni, Trento, UNI Service, 2008, ISBN978-88-6178-190-0.