Fondato nel 1970, ha conquistato numerosi trofei nei campionati di vertice tedeschi di categoria, divenendo Campione di Germania nel 1976, nell'allora Deutsche Fußballmeisterschaft, conquistando poi la Frauen-Bundesliga in cinque occasioni.
La società ha anche una seconda squadra, il Bayern II, che nel campionato 2008-2009 vinse la Regionalliga (Süd) e che dalla stagione successiva milita stabilmente nella 2. Frauen-Bundesliga, la seconda divisione di calcio femminile tedesco[1]. Il Bayern II è allenato da Nathalie Bischof dal 2012[2].
La divisione femminile del Bayern Monaco è stata fondata nel 1970, quando la DFB ha revocato il divieto di disputa di partite di calcio femminile[3]. La squadra si è subito imposta ad alto livello vincendo per diciannove anni consecutivi il titolo di campione della Baviera ed accedendo alle fasi finali del campionato tedesco (Deutsche Fußballmeisterschaft). Finalista del campionato nazionale per cinque volte (1975, 1976, 1979, 1982 e 1985), ha vinto il titolo solamente nel 1976[3]. Nel 1988 e nel 1989 raggiunge la finale della DFB-Pokal der Frauen, ma senza riuscire a vincere il trofeo[3].
^(DE) 2. Mannschaft: Meisterschaft und 2. Bundesliga Süd!, su fcbayern-frauenfussball.de, FC Bayern women's section, 24 maggio 2009. URL consultato il 29 giugno 2009 (archiviato dall'url originale il 15 settembre 2009).
^(DE) Steckbriefe – Coach Nathalie Bischof, su fcbayern-frauenfussball.de, FC Bayern women's section, 2012. URL consultato il 4 settembre 2013 (archiviato dall'url originale il 23 marzo 2013).