Il primo libro dei madrigali a cinque voci (ivi, 1585)
Il secondo libro dei madrigali a cinque voci, con uno a quattro e l'eco (ivi, 1588)
Mottetti a otto voci (ivi, 1589)
Il secondo libro dei mottetti a otto voci (ivi, 1590)
Questi due libri sono stati ristampati con il titolo:
Mottetti a otto voci del Reverendo Padre Giovanni Croce Chiozzotto, maestro di cappella della serenissima signoria di Venetia in San Marco, commodi per le voci et per cantar con ogni stromenti, nuovamente ristampati et corretti. in Venezia, appresso Giacomo Vincenti
Triaca musicale nella quale vi sono diversi capricci a 4, 5, 6 e 7 voci, nuovamente composta e data in luce (ivi, 1597)
Questa curiosa raccolta contiene delle composizioni molto originali su parole in lingua veneta, vi si trovano:
un'eco a 6 voci molto ingegnosamente scritto
una mascherata a quattro
la canzone del rossignolo e del cucù
la canzonetta dei bambini
la canzone dei villani a 6 voci
un brano molto piacevole intitolato il gioco dell'oca a 6 voci
il canto dello schiavo, a 7 voci
Canzonette a 4 voci, libro I
Vespertinae omnium solemnitatum psalmodie 8 vocum
Sacrae cantiones quinque vocum
Messa a cinque voci, libro I
Septem psalmi paenitentiales sex vocum
Magnificat per tutti li tuoni a 6 voci
Lamentazioni ed improperii per la settimana santa con le lezioni della natività di Nostro Signore a 4 voci
Mottetti a 4 voci
Nove lamentazioni per la settimana santa a sei voci
Madrigali a sei voci
Cantiones sacrae octo vocum cum basso continuo ad organum
Bodenchutz ha inserito dei mottetti a otto voci di questo musicista, nei suoi florilegii porlensis. Madrigali di Croce si trovano anche nella raccolta: Ghirlanda di madrigali a sei voci di diversi eccellentissimi autori de' nostri tempi in Anversa, presso Phalesio 1601 in-4°