Giovanni Michele, conte di Spaur e Valer, veniva da una famiglia nobile tirolese; i suoi genitori erano Johann Anton von Spaur und Valör e Maria Judith, contessa d'Arsio. Fu ammesso al capitolo della cattedrale di Trento nel 1662 ed ordinato l'anno seguente. Rappresentò più volte il capitolo della cattedrale e il vescovo al parlamento statale tirolese. Divenne vicario di Mezzocorona nel 1689. L'8 marzo 1696 fu eletto vescovo di Trento, confermato da papa Innocenzo XII. Ricevette la consacrazione episcopale il 19 ottobre 1696.
Visitò frequentemente la diocesi e provvide alla disciplina del clero. Nel 1715 introdusse i rituali Romanum nella diocesi. Il suo nepotismo suscitò malcontento: nominò il nipote Johann Michael Wenzelvescovo ausiliare di Trento, ma non era riuscito a definirlo come suo successore al capitolo della Cattedrale.
Morì il 22 aprile 1725 a Trento e fu sepolto nella cattedrale della città.