Non si trasferì mai a Blagoveščensk e fu distaccato in servizio presso Omsk. In questo periodo fu preso da due polacchi (Marczewski e Kwiatkowski) e visse in esilio nella regione di Omsk assieme ad un geografo russo, Grigorij Nikolaevič Potanin. Si appassionò della storia naturale della regione. Gli fu fornita un'ampia letteratura sulla Siberia e sulle scienze naturali, e nel tempo libero studiò da autodidatta svolgendo la sua prima ricerca.
Dopo il congedo nel 1869 non ricevette il permesso di fare ritorno a casa, essendo un esiliato politico. Gli fu rifiutata l'iscrizione all'università, furono rigettate le sue pubblicazioni ed anche il suo primo tentativo di entrare a far parte della Società geografica russa. Per i successivi due anni fu obbligato a lavorare come insegnante a Omsk, visto che gli fu vietato di abbandonare la zona.
Nel 1871 ricevette il permesso di trasferirsi a Irkutsk. Qui incontrò altri esuli polacchi trasformati in professori: Aleksander Czekanowski e Benedykt Dybowski. Con il loro aiuto (Czekanowski ne è considerato il mentore) entrò nella Società geografica russa, ottenne un lavoro al museo locale e prese parte a numerose spedizioni, facendo esperienza e diventando importante. Prese parte a spedizioni nei monti Sajany, nelle valli del fiume Irkut e del fiume Tunguska Inferiore. In quattro spedizioni (1877-1881) Čerskij esplorò la valle del Selenga e pubblicò uno studio sul lago Bajkal, descrivendone le origini e presentando la struttura geologica della Siberia orientale.
Forse la più famosa di queste spedizioni fu lo studio della struttura geologica della costa del lago Bajkal. Il risultato fu la prima mappa geologica della costa, mappa per la quale Čerskij fu decorato con una medaglia d'oro dell'Accademia russa delle scienze (ne ricevette in tutto tre durante la sua carriera[3]) e con un premio internazionale a Bologna, in Italia. Nella sua ultima opera Čerskij avanzò l'ipotesi di effettuare un rilievo (1878) ed offrì una delle sue prime analisi della tettonica dell'Asia centrale (1886) fungendo da pioniere della teoria dell'evoluzione geomorfologica.
Nel 1878 sposò Marfa Pavlovna Ivanova, nativa della Siberia. Nel 1883 ottenne la grazia dal governo russo, ed in seguito gli fu concesso di nuovo il titolo nobiliare. Abitò a Irkutsk fino al 1886, lavorando nel dipartimento della Siberian orientale della Società geografica russa. Nel 1886 si ammalò (peggiorò la tubercolosi e subì una paralisi parziale) e gli fu concesso di trasferirsi a San Pietroburgo, dove entrò a fare parte dell'Accademia delle Scienze di San Pietroburgo. Trovò comunque il tempo durante il viaggio da Irkutsk a San Pietroburgo per documentare attentamente i dettagli geologici del tragitto. In questo periodo fu messo a capo di una spedizione che esplorò i bacini di Jana, Indigirka e Kolyma. Raccolse e catalogò oltre 2500 ossa antiche, pubblicando una grande opera sui mammiferi del quaternario nel 1888, seguita da una ancora più grande sui reperti dei mammiferi siberiani nel 1891.
Morì il 25 giugno 1892 durante una spedizione sui fiumi Kolyma, Jana e Indigirka. Fu sepolto nei pressi del fiume Omolon.
(PL) Halina Urban, Jan Czerski. Biography in Muzeum Geologiczne (Geological Museum) of Państwowy Instytut Geologiczny (Polish National Geological Institute)
Twarogowski J., Poczet wielkich geologów, Varsavia 1974.
Wójcik Z., Jan Czerski, Wydawnictwo Lubelskie, Lublino 1986.
Czarniecki, Stanislaw (1970-80). "Czerski, Jan". Dictionary of Scientific Biography 3. New York: Charles Scribner's Sons. pp. 531–532. ISBN 0684101149.
Shishanov V.A. Moor Cherskaya: time memories // Archives of Vitebsk heritage as a source of learning history of the region: Proceedings of archival reading dedicated to the 150th anniversary of the birth of A.P.Sapunova. 6-7 June 2002, Vitebsk / Warehouse V.V.Skalaban etc. Minsk: BelNDIDAS, 2002. P.111-120.[2].
