Dan nacque nel 1935 a Budapest, in Ungheria. Costretto a fuggire con la famiglia a causa del nazismo, si stabilì a Gerusalemme. Tutti i documenti relativi a Joseph Dan (incluso il suo sito ufficiale) danno come luogo di nascita Bratislava, Slovacchia – versione creata da suo padre per evitare il rimpatrio forzato dalla Palestina che il governo britannico imponeva agli ebrei durante il mandato.[1]
Dopo aver scritto oltre 60 libri, pubblicò i primi tre volumi di un progetto intitolato "Toledot Torat Hasod Ha'ivrit" ("Storia del Misticismo ed Esoterismo Ebraico", Centro Zalman Shazar, Gerusalemme), da lui descritto come "un tentativo da parte di un singolo individuo di scrivere la storia intera del misticismo ebraico: non una sintesi qualunque, ma piuttosto un vero e proprio compendio accademico per specialisti".[1]
