Nel 1999 conquistò il suo primo titolo vincendo la medaglia d'oro negli 800 metri agli Europei juniores a Riga.
Debuttò nel panorama internazionale vincendo l'oro agli Europei indoor 2000 svoltisi a Gand, all'età di soli 18 anni. Quello stesso anno conquistò la finale ai Giochi olimpici di Sydney, dove concluse la gara al 6º posto.
All'inizio del 2001 si laureò campione del mondo degli 800 metri ai Mondiali indoor di Lisbona. Il 24 agosto realizzò il tempo di 1'42"47 a Bruxelles, nuovo primato nazionale russo e miglior crono dell'anno, ma nonostante questo decise di non prendere parte ai Mondiali di quell'anno ad Edmonton.
Il 2002 fu un anno da dimenticare per Borzakovskij, che non riuscì nemmeno a qualificarsi per la finale degli Europei di Monaco di Baviera.
In occasione dei Giochi olimpici di Atene 2004 raggiunse il risultato principale della sua carriera sferrando l'attacco decisivo in finale a 150 metri dal traguardo risalendo dalle retrovie e riuscendo a sconfiggere il tre volte campione del mondo danese di origini kenioteWilson Kipketer, che sorpassò soltanto negli ultimi 20 metri della corsa. In quell'occasione Kipketer, che condusse la gara fino alla fine, dovette accontentarsi della medaglia di bronzo, preceduto anche dal sudafricanoMbulaeni Mulaudzi.
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