Dall'indipendenza della Slovenia e dalla creazione del campionato sloveno, il Krka è stata la prima squadra che ha strappato il titolo nazionale all'Olimpia Lubiana. Il primo titolo risale al 2000, seguito da quello del 2003. Nel 2003 il Krka ha anche raggiunto la finale di ULEB Cup, persa con una doppia sconfitta contro il Valencia Basket Club.
Tra i giocatori più importanti che abbiano vestito la maglia biancoverde si ricordano Sani Bečirovič e Matjaž Smodiš.
Cronistoria
Cronistoria del Košarkarski Klub Krka Novo mesto
1948 · Fondazione del Košarkarski Klub Novo mesto Partizan, con sede a Novo mesto.
1963 · Diventa Košarkarski Klub Novoteks.
1992 · Diventa Košarkarski Klub Novo mesto 1992.
1992-1993 · 1ª in 4. A slovenska košarkarska liga, promosso in 3. A slovenska košarkarska liga.
1993-1994 · 6ª in 3. A slovenska košarkarska liga.
1994-1995 · 1ª in 3. A slovenska košarkarska liga, promosso in 2. A slovenska košarkarska liga.
1995-1996 · 2ª in 2. A slovenska košarkarska liga.
1996-1997 · 1ª in 2. A slovenska košarkarska liga, promosso in 1. A slovenska košarkarska liga.