Le Kurobe AquaFairies vengono fondate nel 1999 e appena un anno dopo vengono ammesse nella divisione cadetta del campionato giapponese. Nel campionato 2003-04 vincono la V1 League, partecipando al Challenge match per la promozione in massima categoria, venendo sconfitte dalle Mobara Alukas. La promozione viene quindi rimandata al termine dell'annata 2017-18, quando, grazie al terzo posto in campionato, ottengono la promozione diretta, approfittando dell'espansione e del cambio di formato della massima divisione: esordiscono quindi nella riorganizzata V.League Division 1 nel campionato 2018-19.