Il campionato si articola in due fasi, la stagione regolare ed i playoffs. La prima parte della competizione segue la formula del doppio girone all'italiana, quindi ogni squadra affronta tutte le altre concorrenti quattro volte, due in casa e due in trasferta. La stagione regolare inizia a fine settembre e termina ad inizio maggio, ed è composta da 36 giornate. Le squadre ricevono un punto in caso di vittoria, zero in caso di sconfitta.
A fine stagione regolare, le migliori 8 squadre si affrontano nei playoffs secondo il posizionamento in classifica. Le gare si svolgono al meglio delle 3 sfide, mentre la finale, che incorona la vincente del campionato, al meglio delle 5.
Per regolamento è previsto un sistema di retrocessione-promozione, ovvero la squadra vincitrice della NKL prende il posto, nella stagione successiva, dell'ultima classificata in regular season della LKL. Tuttavia, per l'impossibilità da parte dei club di NKL di soddisfare i requisiti della lega, l'ultima retrocessione risale alla stagione 2014-2015. La neopromossa B.C. Mažeikiai, che ha rimpiazzato il team K.K. LSU-Atletas Kaunas, al termine della stagione viene retrocessa in NKL senza però essere sostituita dalla vincitrice del campionato cadetto, costituendo così nelle stagioni successive dell'LKL un campionato a 10 squadre.