La stagione 2003-04 dei Minnesota Timberwolves fu la 15ª nella NBA per la franchigia.
I Minnesota Timberwolves vinsero la Midwest Division della Western Conference con un record di 58-24. Nei play-off vinsero il primo turno con i Denver Nuggets (4-1), la semifinale di conference con i Sacramento Kings (4-3), perdendo poi la finale di conference con i Los Angeles Lakers (4-2).
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