Nella stagione 2000-2001 il Modena disputa il girone A del campionato di Serie C1, con 74 punti in classifica ha vinto il torneo ed è stato promosso in Serie B con il Como che ha vinto i playoff. Ha pure vinto la Supercoppa di Serie C1. Allenati dal confermato Gianni De Biasi i canarini sono ritornati in Serie B dopo un campionato dominato a lungo, con una leggera flessione accusata nel finale del torneo, pur riuscendo a tenere a distanza il Como, secondo in classifica. Nella Coppa Italia di Serie C il Modena vince il gruppo F di qualificazione, eliminando Sassuolo, Reggiana, Imolese e Castel San Pietro, poi nei sedicesimi elimina la Vis Pesaro, negli ottavi supera il Cesena, nei quarti ha la meglio sull'Avellino, poi esce dal torneo in semifinale eliminato dal Lumezzane. Al termine del campionato, il Modena disputa e vince la Supercoppa di Serie C, superando nella doppia finale il Palermo, che ha vinto il girone B della Serie C1.