L'esordio della nazionale maltese femminile è datato 10 agosto 2003, con una sconfitta per 3-0 contro la Romania[3].
La nazionale maltese ottenne la sua prima vittoria assoluta il 29 giugno 2006 grazie all'1-0 contro la Estonia[3]. In occasione delle qualificazioni al campionato mondiale 2015, la nazionale maltese concluse il suo girone nel turno preliminare al primo posto, accedendo per la prima volta alla fase a gironi delle qualificazioni[4]. Nelle Qualificazioni al campionato europeo femminile di calcio 2017 nonostante collezioni 2 vittorie e una sconfitta arrivando alla pari con la Georgia e le Fær Øer viene eliminata per la peggior differenza reti negli scontri diretti nella prima fase a gruppi.[5]
Nel 2023 la nazionale femminile maltese ottenne un risultato storico per il calcio isolano, vincendo il proprio rispettivo gruppo nella Lega C della Women's Nations League e guadagnando così l'accesso alla Lega B per l'edizione successiva della manifestazione[6].
