Il Partito Comunista dovette per tanto proseguire le proprie attività nella clandestinità fino al ritorno della democrazia nei primi anni novanta, ripresentandosi per la prima volta alle elezioni generali nel 1993, dove però non ottenne seggi.
Nel 2009, per la prima volta dopo 36 anni il Partito Comunista è tornato in Parlamento, eleggendo tre deputati, da allora il partito sta riacquisendo consensi.
Con oltre 47.000 iscritti al 2021 risulta essere il partito politico cileno col maggior numero di militanti.[5]
La massima carica dirigenziale del partito dalla sua fondazione fino al XXII Congresso Nazionale, tenutosi nel 2002, era quella del Segretario generale.
La riforma dello statuto del XXII Congresso creerà invece la figura del Presidente di partito.
Pertanto, la direzione nazionale del partito è composta dal Comitato Centrale (eletto dal Congresso Nazionale) che a sua volta elegge il Presidente, il Segretario generale, la Commissione Politica e il Segretariato.