Nasce dal versante occidentale degli Urali settentrionali, all'estremità sudorientale del territorio della Repubblica dei Komi. Scorre dapprima con direzione mediamente occidentale, nella loro zona pedemontana; curva successivamente verso nord, entrando in una vasta zona pianeggiante spesso interessata da paludi, ricevendo in successione, fra gli altri, gli affluenti Ilyč, Ščugor e Usa dalla destra, Un'ja, Severnaja Mylva, Kožva e Lyža da sinistra. Tocca, in questo tratto, i centri di Troicko-Pečorsk, Vuktyl e Pečora, il maggiore centro urbano del suo corso.
A valle della confluenza della Usa, il fiume volge il suo corso nuovamente in direzione occidentale, ricevendo la Laja dalla destra e la Ižma da sinistra; dopo la confluenza della Pižma e della Cil'ma compie una brusca svolta di circa 90° dirigendosi nuovamente verso nord, formando numerosi rami morti e bracci laterali; segna in questo tratto il confine fisico fra i monti Timani e la vasta zona pianeggiante della Bol'šezemel'skaja Tundra (tundra della grande terra). Riceve l'affluente Ërsa, taglia dopo pochi chilometri il Circolo Polare Artico, riceve successivamente la Kuja e la Šapkina da destra e la Sula da sinistra e, superato il piccolo centro di Oksino, prende direzione nordorientale prima di sfociare, presso Nosovaja, nel golfo omonimo, parte del più ampio mare della Pečora, non lontano dalla cittadina di Nar'jan-Mar.
Regime
Il fiume è bloccato dai ghiacci per lunghi periodi, all'incirca da fine ottobre - primi di novembre a maggio (primi di giugno nel basso corso); la tarda primavera vede il disgelo e un grosso aumento di portata, che fa sì che in questa breve stagione venga scaricato il 60% della portata annua che, alla foce, è di circa 130 km³.
La Pečora è navigabile per quasi tutta la sua lunghezza, fino a Troicko-Pečorsk; nelle stagioni di massima portata (tarda primavera e inizio autunno), si può arrivare ancora più a monte fino a Ust'-Un'ja. Le navi oceaniche possono invece risalire il suo corso per 110 km a monte della foce fino a Nar'jan-Mar.
Idrometria
La portata del fiume Pečora è stata misurata per 48 anni, con discontinuità nel periodo 1916-1945 e 1980-1998, nei pressi della cittadina di Oksino, a circa 141 km dalla foce. L'area di drenaggio a monte dal punto di misura è pari a 312.000 km², circa il 97% del bacino idrografico del fiume.
La portata media nel corso dell'anno, nel periodo in esame, si attesta a 4 379 m³/s, distribuita nei vari mesi come da grafico seguente: