Per molti di questi enzimi il substrato ottimale è il perossido di idrogeno, ma altri sono più attivi con idroperossidi organici come i perossidi lipidici. Le perossidasi possono contenere nei loro siti attivi un cofattoreeme, o cisteinaredox-attiva o residui di selenocisteina.
La natura dell'elettrone donatore dipende molto dalla struttura dell'enzima. Per esempio la perossidasi ottenuta dalla pianta perenne Armoracia rusticana (rafano) può usare una varietà di composti organici come elettroni donatori ed accettori. La perossidasi del rafano (in inglese Horseradish peroxidase o HRP) ha un sito attivo accessibile e molti composti possono legarsi al sito della reazione. Per un enzima come la citocromo c perossidasi, i composti che donano elettroni sono molto specifici, perché vi è un sito attivo particolarmente chiuso.
Mentre gli esatti meccanismi devono ancora essere delucidati, si sa che le perossidasi svolgono un ruolo importante nell'accrescere le difese dei vegetali agli organismi patogeni.[2]
