Dalla sua biografia sappiamo che amava passeggiare e sostare con il suo cavallo "Marco Polo" e il suo amico matematico ed astronomo francese Adrien Auzout nella zona retrostante la Villa dei Quintili sull'Appia Antica, di cui fu Soprintendente ("alle Sacre Reliquie", per via delle catacombe) e che studiò attentamente, redigendo preziosi ed unici rilievi topografici. Si dedicò alla ricerca sul campo, con numerose scoperte e formò numerosi allievi, che fondarono dopo la sua morte i primi corsi di archeologia della nuova università detta "Sapienza". Fu consigliere culturale di tre pontefici e tra gli ispiratori della fondazione del movimento letterario dell'Accademia dell'Arcadia, alla cui segreteria chiamò un suo giovane protetto, il Giovanni Mario Crescimbeni, a cui dobbiamo la biografia del Fabretti. Frequentò i circoli della regina Cristina di Svezia.
La sua casa di Borgo Pio divenne un salotto intellettuale europeo, in cui gli studiosi di passaggio trovavano ospitalità e stimoli culturali. Sappiamo che uno dei suoi amici preferiti era un matematico francese con cui compiva lunghe passeggiate discettando di meccanismi e misurazioni, una delle passioni intellettuali dell'epoca. Fu per molti anni custode degli Archivi Segreti di Castel Sant'Angelo. Fu per molti anni Canonico di San Pietro, con il titolo di monsignore, e si mantenne celibe come d'uso all'epoca. Morì ottantenne dopo aver preso un raffreddore per aver voluto passeggiare in carrozza nel freddo della via Nomentana a Roma.
Esiste a Roma la Fondazione Raffaele Fabretti, con sede in via Nicola Salvi 68, curata dagli ultimi discendenti della sua famiglia (Giorgio Fabretti), che ha promosso convegni sul Fabretti presso il Pio Sodalizio dei Piceni (nelle vicinanze della Piazza Navona). Hanno raccolto opere e materiali biografici su Raffaele Fabretti: il Pontificio Istituto di Archeologia Cristiana (in Vaticano), l'Università di Urbino (Prof. Mario Luni), il Pio Sodalizio dei Piceni (in Roma), la Fondazione "Fondo Fabretti" (in Roma), la Fondazione "Raffaello" (in Urbino), l'Accademia Americana di Roma (nei pressi del Gianicolo).
Jean-Pierre Niceron, Memoires pour servir à l'histoire des hommes illustres, IV, Paris 1728, pp. 372-381.
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M. Valéry, Correspondance inédite de Mabillon et de Montfaucon avec l'Italie..., Paris 1846, I, pp. 92, 108, 195 ss.; II, pp. 63, 104, 111 s., 119, 121, 168, 222, 243, 248, 252, 254, 272; III, pp. 20, 40, 214.
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Exupere Caillemer, Lettres de divers savants à l'abbé Claude Nicaise..., Lyon 1885, pp. 24, 61, 102, 147, 172, 192, 205, 207 s., 210 ss., 217, 219 s., 222, 242, 263, 270;
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Ida Calabi Limentani, Le descrizioni dei musei lapidari nel '700 italiano, in Il museo epigrafico, Faenza 1984, pp. 30-33.
Mario Luni, Raffaello Fabretti, "archeologo" urbinate, "principe della romana antichità", Accademia Raffaello, Urbino, 2001, ISBN 88-87573-05-0.
Danilo Mazzoleni (a cura di), Raffaele Fabretti, archeologo ed erudito. Atti della Giornata di Studi, 24 maggio 2003, Pontificio Istituto di Archeologia Cristiana, Città del Vaticano, 2006, ISBN 8885991408.
