L'8 gennaio 1928 gli ex membri del Bragança Futebol Clube fondarono il Clube Atlético Bragantino.
Nel 1949 il club partecipò per la prima volta alla seconda divisione del Campionato Paulista. Nel 1965 il Bragantino venne promosso per la prima volta nella prima divisione del Campionato Paulista. Nel 1966, tuttavia, il club retrocesse nella seconda divisione del Campionato Paulista.
Nel 1988 il Bragantino vinse la seconda divisione del Campionato Paulista. Nel 1989 avvenne il debutto nel Campeonato Brasileiro Série A grazie alla vittoria del Campeonato Brasileiro Série B. Nel 1990 il Bragantino sconfisse il Novorizontino per vincere la prima divisione del Campionato Paulista. La finale è stata soprannominata la finale caipira (final caipira, in lingua portoghese).
Nel 1991 il club fu finalista del Campeonato Brasileiro Série A. In finale, il Bragantino fu sconfitto dal San Paolo. Nel 1992 il club ha partecipato alla Coppa CONMEBOL, facendo così il suo debutto nelle competizioni continentali, bissata con la partecipazione alla Coppa CONMEBOL 1993. Nel 1995 il club retrocesse nella seconda divisione del Campionato Paulista. Nel 1996 il Bragantino ha partecipato per la terza volta alla Coppa CONMEBOL.
Collaborazione con la Red Bull: Red Bull Bragantino
Nell'aprile 2019 il Bragantino ha siglato un accordo con la Red Bull, già proprietaria del Red Bull Brasil, per la gestione di tutte le attività legate al calcio, con l'obiettivo di permettere alla squadra di competere nel massimo campionato brasiliano.
In virtù di questa collaborazione il club ha cambiato logo e nome (Red Bull Bragantino), adottando altresì i colori sociali bianco e rosso tipici delle società gestite dalla multinazionale austriaca. Nella stagione 2020 ha disputato, quindi, la sua prima stagione nel massimo campionato brasiliano con la nuova proprietà.
È stata inoltre presa in considerazione la possibilità di ristrutturare ed ampliare lo stadio Nabi Abi Chedid.[1]
Durante il suo primo anno in Brasileirão, il club si è qualificato per la Copa Sudamericana concludendo il campionato al decimo posto. L'anno successivo ha raggiunto la finale della suddetta coppa, sconfitto dall'Athletico Paranaense, e in virtù del sesto posto in campionato ha guadagnato l'accesso alla fase a gironi della Copa Libertadores 2022.
