Figlio di Nicolò, fu discepolo di Paolo Fiammingo, Leonardo Corona e Jacopo Palma il Giovane, di cui seguì le orme «ma ebbe maniera così graziosa, gentile e leggiadra, che si può dir veramente che in gentilezza superasse il Maestro»[1]. Per questo è considerato il quarto dei pittori delle sette maniere[2] In un clima veneziano ormai poco innovativo, il Peranda collaborò più volte con il pittore Palma il Giovane. Fra i suoi allievi si ricordano il dalmata Matteo Ponzone e il bresciano Filippo Zaniberti, Simone Cantarini, Francesco Maffei, oltre che il figlio Michelangelo.
Tra le sue prime opere vi è un San Martino e il povero del 1585 (chiesa di Rio San Martino di Scorzè, Venezia).
Nel 1592 seguì per qualche tempo a Roma il futuro doge Marino Grimani e a Loreto, dove entrò in contatto con il tardo manierismo dell'Italia centrale caratterizzato da costruzioni diagonali e figure avvitate su loro stesse[2]. Nel 1594 tornò a Venezia, dove realizzò San Rocco che cura gli appestati e Morte di san Rocco presso la chiesa di San Giuliano. Nel 1604 realizza le due grandi opere Caduta della manna (chiesa di San Bartolomeo) e San Diego che guarisce gli infermi(chiesa di San Francesco della Vigna), seguita dalla Battaglia di Giaffa (Palazzo Ducale di Venezia)
Dal 1608 circa[3] al 1627 operò a Mirandola al servizio del duca Alessandro I Pico della Mirandola, dove realizzò i ritratti di corte e il ciclo delle sette storie di Psiche (1610), oggi conservate a Mantova (palazzo d'Arco e museo di Palazzo ducale). Successivamente dipinse il ciclo delle tre Età del mondo (oro, argento e bronzo), che ebbe molto successo tanto che il ciclo fu replicato almeno due volte a Castelcucco e Roma. Altri importanti opere, a tema mitologico e biblico, realizzate a Mirandola e successivamente trasportate Mantova nel 1716, sono andate perdute. Negli anni 1620 realizza i ritratti di corte della famiglia pico (Alessandro I Pico e la moglie Laura d'Este, Giulia d'Este e Luigi d'Este) e diverse pale per le chiese di Mirandola (Lapidazione di Santo Stefano, Conversione di Saulo e L'Immacolata con i Santi Ubaldo e Geminiano) e del modenese. Nello stesso periodo, riprese i contatti con il Veneto
Nel 1638 morì a Venezia, dove venne tumulato presso la chiesa di San Nicola dei Tolentini. [senza fonte]