Il club venne fondato il 20 agosto 1999[1]. Nel 2005 il club venne acquistato dalla holding Iberia Business Group e la presidenza del club venne assunta da T'ariel Khechik'ashvili, proprietario della holding, e che divenne in seguito ministro dello sport in Georgia[1]. Alla sua seconda stagione in Pirveli Liga, seconda serie nazionale, il Saburtalo vinse il gruppo A e venne promosso in Umaglesi Liga, massima serie nazionale, per la prima volta nella sua storia[2]. Alla prima stagione in Umaglesi Liga il club mantenne la categoria, classificandosi al nono posto a metà classifica. Nella stagione di transizione 2016 il Saburtalo concluse il gruppo rosso, nel quale era stato inserito, al terzo posto, venendo così ammesso agli spareggi per assegnare il terzo posto in campionato, valido per l'accesso alla UEFA Europa League: venne eliminato in semifinale dalla Dinamo Tbilisi[3]. Nel 2017 l'Umaglesi Liga venne rinominata Erovnuli Liga, il campionato venne organizzato nell'anno solare, iniziando in primavera e finendo in autunno, e il Saburtalo concluse la stagione al quarto posto[4]. Nel 2018 si è aggiudicato il campionato per la prima volta, con tre giornate di anticipo, grazie alla vittoria sulla diretta inseguitrice, la Dinamo Tbilisi[5]. Ha vinto poi la Coppa di Georgia nel 2019, nel 2021 e nel 2023 e la Supercoppa di Georgia nel 2020.
Cronistoria
Cronistoria del Sapekhburto K'lubi Iberia 1999
1999 - Fondazione del Sapekhburto K'lubi Saburtalo.
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2013-2014 - 8º nel gruppo B della Pirveli Liga.
2014-2015 - 1º nel gruppo A della Pirveli Liga. Promosso in Umaglesi Liga.