Nel 1988 l'AIFA ottenne l'affiliazione al CONI, e si rinominò Federazione Italiana American Football. La principale novità nel campionato fu lo sdoppiamento della Serie A, arrivata a contare 49 squadre, in A1 e A2. mentre i due tornei rimanevano separati, nel tabellone dei playoff sarebbero entrate le migliori 16 squadre di A1 e le migliori 8 di A2.
Accedono direttamente ai playoff le prime 3 squadre di ogni girone. Le quarte classificate disputano un turno preliminare (Wild card) contro le migliori squadre di A2