Il club fu fondato nel 1909[4], e l'origine del suo nome è fatta risalire alla folta componente inglese dei primi anni, che trasse ispirazione dal nome di alcune squadre con lo stesso appellativo già fondate in Inghilterra (Bolton e Wolverhampton). Fin dall'anno di nascita prese parte alla prima edizione del campionato maltese di calcio (1909-10), nella quale ottenne il secondo posto alle spalle dei vincitori del Floriana[5].
La prima vittoria in campionato arrivò dieci anni più tardi, con il titolo del 1919-20. Da quel primo successo, il club ha dominato la scena del calcio maltese per i successivi 50 anni, contendendosi la palma di migliore squadra dell'isola con i rivali del Floriana e riuscendo ad essere presente nell'albo d'oro dei vincitori del campionato almeno una volta in ogni decade. Del 1935 è invece la prima vittoria nella Coppa di Malta.
La fine degli anni '70 vide un appannamento dei risultati del club, che dopo il titolo del 1976 riuscì ad aggiudicarsi la vittoria in campionato solamente in due occasioni (1989 e 1996) nei successivi vent'anni (dopo aver subito addirittura la prima storica retrocessione nel 1983).
Il periodo recente ha visto la squadra aggiudicarsi il titolo in tre occasioni consecutive fra il 2003 ed il 2005; restano questi, ad oggi, gli ultimi successi raggiunti in campionato. Negli ultimi anni il club ha vissuto un periodo di appannamento, e l'ultimo trofeo risale al 2016, con la conquista della ventunesima Coppa di Malta. Nel 2022 termina il campionato all'ultimo posto, subendo così la seconda retrocessione della sua storia a 37 anni di distanza dall'ultima volta[6]. La permanenza in serie cadetta è durata soltanto una stagione, con la promozione in massima serie raggiunta già l'anno successivo[7].
La squadra resta al giorno d'oggi la più titolata di Malta, e detiene il record di vittorie in campionato (26), condiviso con il Floriana, e nella coppa nazionale (21).
Il sodalizio dispone inoltre di una squadra di calcio a 5, che attualmente prende parte alla massima divisione nazionale.
Nata inizialmente con una maglia di colore giallo, la squadra adottò come colori il blu (per ricordare il mare e la vocazione marittima del borgo di Sliema) e l'azzurro (in onore alla chiesa di Nostra Signora Stella del Mare, prima parrocchia della città) nello stesso anno di fondazione, per distinguersi dalla squadra rivale, il Floriana[10].
Lo Sliema Wanderers vanta 39 partecipazioni alle coppe Europee, la prima delle quali è datata 1964; in tale occasione, la squadra fu eliminata dai gallesi del Borough United nel primo turno preliminare della Coppa delle Coppe 1963-1964[10]. L'anno successivo, il club fu la prima compagine maltese ad aggiudicarsi un successo in una partita valevole per una competizione europea, sconfiggendo i campioni di Grecia del Panathīnaïkos per 1 a 0[11].
La principale rivalità è nei confronti del Floriana, squadra con la quale lo Sliema Wanderers si è conteso la maggior parte dei titoli nazionali fino agli anni '70. La partita fra le due compagini è talvolta soprannominata come Old Firm per richiamare gli antichi fasti delle due squadre[13][14]. Un derby minore si segnala inoltre con lo Gżira Utd, a causa della prossimità geografica fra le città di appartenenza dei due club[15][16].