Tolomeo Menfite nacque nello stesso anno dell'autoproclamazione del padre a Re d'Egitto e venne presentato alla classe sacerdotale egizia di Menfi.[3] Tolomeo VIII fece così in modo da guadagnarsi anche l'appoggio dei sacerdoti della religione egizia presentando la triade divina di padre, figlio e sorella-moglie-madre.[4] Poiché Cleopatra II non aveva ancora dimenticato l'assassinio del figlio Tolomeo VII, compiuto dall'attuale marito, la grande importanza del neonato oltre a favorire Tolomeo VIII davanti agli occhi dei nativi egizi, lo sfavoriva offrendo a Cleopatra un nuovo ragazzo da usare contro di lui.[5] Nel frattempo Tolomeo VIII ebbe altri cinque figli da Cleopatra III, la figlia di primo letto di Cleopatra II, una situazione preoccupante per la regina più anziana.[6] Tra il 132 e il 131 a.C. Cleopatra II riuscì a portare a termine i suoi piani: una rivolta assaltò il palazzo di Tolomeo VIII e il faraone, Cleopatra III e i loro figli vennero esiliati a Cipro.[7] Allo stesso tempo Tolomeo Menfite era stato mandato per sicurezza dalla madre in Cirenaica; Tolomeo VIII convinse però il giovane a raggiungerlo sull'isola di Cipro e li si fece riconoscere dal figlio come unico sovrano legittimo insieme a Cleopatra III.[8] Cleopatra II per risposta si proclamò unica sovrana del regno e l'unico modo che ebbe Tolomeo VIII per far decadere ogni sua pretesa fu di ordinare l'assassinio di Tolomeo Menfite: il giovane venne quindi ucciso nel 130 a.C.[9] Si dice che Tolomeo VIII abbia fatto smembrare il corpo del figlio e lo abbia mandato in una cesta ad Alessandria dalla madre; questo episodio viene citato da molti storiografi antichi come massimo esempio della crudeltà di Tolomeo VIII.[10]