Nacque a Rantzau in Holstein. Studiò filologia presso le università di Bonn, Gottinga e Berlino, nel 1843 iniziò a lavorare su Monumenta Germaniae Historica. Nel 1855 fu nominato archivista a Breslavia; nel 1862 divenne professore di storia a Heidelberg, e dieci anni dopo fu professore a Berlino, dove diresse anche il Monumenta Germaniae Historica. Morì a Francoforte.
Wattenbach si distingueva per la sua conoscenza approfondita delle cronache e altri documenti originali del Medioevo, infatti la sua opera più notevole fu fatta in questo campo.
Opere
Deutschlands Geschichtsquellen im Mittelalter bis zur Mitte des XIII. Jahrhunderts (1858)[1]
Anleitung zur lateinischen Paläographie (Lipsia, 1869, rifatta nel 1886)
Das Schriftwesen im Mittelalter (Lipsia, 1871, rifatta nel 1896)
Beiträge zur Geschichte der christlichen Kirche in Böhmen und Mähren (Vienna, 1849)
Geschichte des römischen Papsttums (Berlin, 1876)
Anleitung zur griechischen Paläographie (Lipsia, 1867, rifatta nel 1895)
