201便は40人の乗客と7人の乗員を乗せて現地時間20時37分にパナマシティのトクメン国際空港の滑走路21Lからカリに向けて離陸した[2]。離陸から約10分後の20時47分に、機長がパナマシティの管制官に気象情報を聞いた。管制官は201便の 30–50マイル (48–80 km) 先に悪天候が広がっていることを伝えた。
また、姿勢指示器のソースの選択スイッチは、通常のNORMAL位置(個別の垂直ジャイロを参照)からBOTH ON VG-1(両方とも垂直ジャイロ1を参照)の位置になった状態で事故現場から発見された。調査官は、パイロットがスイッチをNORMALポジションからBOTH ON VG-1に変えたため、機長側と副操縦士側の両方の姿勢指示器が故障したジャイロに繋がれ、姿勢が分からなくなったと判断した。
墜落要因の1つとして、姿勢指示器の故障に対応するために必要な計器が、いくつかの機体で異なっていることをコパ航空が乗員に伝えなかったことがあげられた。シミュレータの場合、スイッチを左(CAPT ON AUX)に回すと、機長側の姿勢指示器が予備のジャイロに繋がるようになっていたが、事故機の場合、スイッチを左(BOTH ON VG-1)に回すと機長・副操縦士の姿勢指示器が機長側のジャイロに繋がるようになっていた。
201便の乗員はこの問題に対処する方法をシミュレータで学んでいたため、パイロットがそれに従って対処したが、上記のようにシミュレータと事故機ではコックピットの仕様が異なっていたため、機長側のADIソースを予備の垂直ジャイロ(CAPT ON AUX)に切り替えるつもりで機長側と副操縦士側の両方のADIのソースをVG-1(BOTH ON VG-1)へ切り替えてしまい、副操縦士側のADIも正しいVG-2からのデータを得られなくなり、問題の特定ができなくなってしまった[10][4]。