ミッドデッキでは、Protein Crystal Growth Thermal Enclosure System Vapor Diffusion Apparatus-03 experiment (PCG-TES-03)、Protein Crystal Growth Single Thermal Enclosure System-02 (PCG-STES-02)、Shuttle Amateur Radio Experiment-II (SAREX-II)、Middeck Active Control Experiment (MACE)、Commercial Materials Dispersion Apparatus Instrumentation Technology Associates Experiments-03 (CMIX-03)、Midcourse Space Experiment (MSX)等の実験が行われた。
Middeck Active Control Experiment (MACE)は、宇宙工学の研究のためのペイロードである。
レートジャイロ、リアクションホイール、高精度指向性ペイロード等から構成される。実験の目標は、運動の擾乱を補償する閉ループの制御システムを試験することであった。軌道上で、船長のステファン・オズワルドと操縦手のウィリアム・グレゴリーは、MACEを用いてミッションの間、45時間以上を用いて、約200の異なる擾乱の状況について試験を行った。MACEからの情報は、将来の宇宙船において運動を補償するより優れた制御システムの設計に用いられる予定である。
G-387とG-388の2つのゲッタウェイスペシャルのペイロードも搭載された。この実験は、Australian Space OfficeとAUSPACE ltdが提供するものであった。目的は、深宇宙や近隣の銀河の紫外線観測である。これらの観測は、銀河の超新星残骸の構造やマゼラン雲内の熱いガスの分布、熱い銀河ハローの放射、銀河冷却に伴う放射等の研究のために行われた。これら2つのキャニスタはケーブルで結ばれた。キャニスタ1は、紫外線望遠鏡を収める自動ドアを備えていた。キャニスタ2は、データ貯蔵用の2つのビデオレコーダーと電池を収めていた。このミッションは、エンデバーの最長の飛行となった。
