2009년 9월 29일 군입대 예정이던 한승엽은 102 보충단에서 3일간 전반적인 신체검사과정에서 발가락부분에 뼈이상이 발견되어 1차적 귀가조치를 받았다. 그 이후 10월 20일 정밀 검사를 받은 한승엽은 1년의 치료기간이 더 필요하다는 병무청의 검사결과 및 신체검사 판결로 1년 뒤 재검사를 받게 된다. 이로써 한승엽은 2009년 10월 27일 공식적으로 방송에 복귀하게 되었다.[1]
2010년 11월 16일 프로리그 경기를 마지막으로 11월 18일 논산 육군 훈련소에 다시 입소하여 훈련소 생활을 마친 후 현재 은평구청에서 공익 근무 요원으로 군 복무를 했고 2012년 11월 소집해제 했다.
