마카리오스 3세(그리스어: Μακάριος Γ, 1913년 8월 13일 ~ 1977년 8월 3일)는 키프로스의 주교, 정치인이다. 본명은 미하일 흐리스토둘루 무스코스(그리스어: Μιχαήλ Χριστοδούλου Μούσκος)이다.
1948년 주교로 임명되고, 1950년 대주교가 되었다. 키프로스의 그리스 병합 운동을 비폭력 투쟁으로 이끌어 그리스계 사람들로부터 '민족의 아버지'로 존경받았다. 1959년 영국으로부터의 독립에 성공하고, 같은 해 4월 키프로스 임시 정부 수상에 취임했다.
1960년 키프로스의 완전 독립과 함께 대통령에 당선되고, 1968년 재선되었다. 키프로스에 살고 있는 터키계 주민들이 그리스 합병 운동에 반대하여 폭동을 일으켜 그리스와 터키 두 나라 정부 사이에 긴장을 가져왔다. 그는 정책을 바꿔 그리스와의 합병을 반대하고 키프로스의 독립을 지키려 하였다. 그러나 1974년 그리스와 합병을 원하는 에노시스 운동파의 군사 쿠데타에 의해 대통령 자리에서 물러났다. 1977년 심장 질환으로 사망했다.
