A. Sabaliauskas spėjo, kad Perloja galinti būti asmenvardinis vietovardis, galimai susijęs su asmenvardžiu Perlys.[3] Tačiau tai labai mažai tikėtina, nes tokia pavardė labai vėlyva ir svetimkilmė. Tai greičiau priešdėlio per- vedinys (plg. slaviški užrašymai su priešdėliu пре-, prze-), o šaknį loj- reikėtų gretinti su šiuose kraštuose užrašytais vandenvardžiais Lõjus, Lauja, Lavysas. Ši šaknis galėjusi reikšti arba šlapumą, pelkėtą vietą (sen. gr.λόω „plaunu“, lot.lavere „skalbti“, isl.lauðr „šarmas, paplavos, putos“ ← ide.*lou- „plauti“), arba lóvį (lomą, gilų slėnį), arba nu sekimą, nusilpimą (plg. liáutis, liáunas, lavónas ← ide.*lēu- „nusilpti, liautis“). Tad pavadinimas Perloja galimai reiškia perėjimą per seklumą, nusilpusią srovę (t. y. pagal brastą per Merkį), arba kaip tik – per skalaujančius, putotus vandenis, arba per gilų slėnį, lovį.[4]
Liaudies etimologija mena legendą, kad anksčiau šioje vietoje buvo miestelis, o jame gyveno kunigaikštis Perlius. Šalia miestelio jis pastatė bažnyčią. Vieną sekmadienį į bažnyčią prisirinko labai daug žmonių. Įpusėjus mišioms, prasivėrė žemė ir bažnyčia nugrimzdo. Vėliau toje vietoje atsirado ežeras. Žmonės tą ežerą pavadino Paperloju, o šalia esantį miesteli Perloja. Seni žmonės pasakoja, kad dažnai, sekmadieniais, girdėdavo varpo dūžius sklindančius iš ežero, ir rasdavo bažnytines relikvijas išplautas ant kranto…
Istorija
Šios vietos apgyvendintos dar prieš 6000 metų. Šalia Perlojos rasta XI amžiumi datuojamų pilkapių liekanų. Perloja rašytiniuose šaltiniuose minima nuo 1378 m. Tuo metu čia jau buvo Lietuvos didžiojo kunigaikščio dvaras, viena iš 15 „svarbiųjų“ rytų Lietuvos medinių pilių. Pro Perloją ėjo svarbiausias Lietuvos valdovų kelias iš Vilniaus į Gardiną, todėl Perlojai teko atlikti labai atsakingą valstybės tarnybą – prižiūrėti ir saugoti pagrindinį kelią, jos užtvaras ir tiltus, o reikalui esant – statyti ir taisyti valdovų pilis. 1387 m. Perloja minima Vygando Marburgiečio kronikoje, kai kryžiuočiai užėmė miestelį.
XV a. pirmame ketvirtyje pastatyta Perlojos bažnyčia, viena pirmųjų Lietuvoje). XVI a. 2-ojoje pusėje, vykstant Valakų reformai, Perlojos gyvenvietė buvo perplanuota ir bendrąjį savo pavidalą išlaikė daugiau kaip tris šimtus metų. Perloja išaugo ir ekonomiškai klestėjo nuo XVI a. pabaigos iki XVII a. 2-osios pusės. 1636 m. Perloja gavo miesto teises – keturias valdovų privilegijas: du kartus teisę naudotis karališkąja giria ir du kartus – teisę rengti turgus ir jomarkus, taip pat leidimą kurti priemiesčius, t. y. plėsti miestelio ribas.
XVIII a. pradžia Perlojai buvo labai nesėkminga: vykstant Šiaurės karui miestelį keletą kartų nusiaubė švedų ir rusų kariuomenės, o keleri iš eilės nederliaus ir bado metai, ypač 1709–1711 m. praūžusi maro epidemija sunaikino visus Perlojos ir jos apylinkių gyventojus. Tik po kurio laiko tuščiose sodybose įsikūrė kelios dzūkų šeimos. XVIII a. Perloja kūrėsi labai lėtai; ją sudarė iš įvairiausių vietovių atsikėlę žmonės.
1792 m. balandžio 26 d. iš Stanislovo Augusto Perloja gavo laisvojo miesto vardą, Magdeburgo (savivaldos) teises ir herbą. Privilegijos originalas saugomas Rusijos valstybiniame istorijos archyve Sankt Peterburge, Heroldijos departamento rinkiniuose. Miesto herbas tikriausiai nusižiūrėtas iš Kauno heraldikos, pakeistos tik skydo lauko ir figūros spalvos, kadangi Kaunas tuomet buvo paskirtas apskrities, kuriai priklausė Perloja, centru. Tačiau jau po mėnesio savivalda buvo panaikinta, herbas užmirštas. Dėl šių teisių Perloja (kaip ir kitų tokias teises tada gavusių miestelių gyventojai) su seniūnijos valdytojais bylinėjosi iki pat XIX a. vidurio.
1863 m. sukilimo metu sugriautas Lietuvos didžiojo kunigaikščio dvaras, kuriame veikė geležies dirbtuvės gaminusios geležį iš balų rūdos ir davusios tada dar bevardžiui intakui Amarnios vardą (nuo vokiško žodžio hammer – „kūjis“). Po sukilimo buvo uždaryta dar Vytauto Didžiojo laikais pastatyta maumedinė Perlojos bažnyčia, vėl pradėjusi veikti tik 1905 m. pabaigoje. XIX a. Perloja – kaimas Trakų apskrities Varėnos valsčiuje.[5]
Kuriantis nepriklausomai Lietuvos valstybei, Perloja pagarsėjo savarankiška savivalda, gavusia Perlojos respublikos vardą. Savivalda gyvavo nuo 1918 m. lapkričio iki 1919 m. gegužės, tvarkėsi atskirai nuo visų tuo metu Lietuvoje buvusių oficialių valstybinių įstaigų ir turėjo tiesioginiu būdu miestelio ir parapijos gyventojų išrinktą valdžią – Komitetą ir teismą, paskirtą miliciją ir miško eigulius, suorganizuotą stiprų, ginkluotą apsaugos būrį, kuris sėkmingai gynė Perloją nuo plėšikaujančių gaujų, vokiečių kareivių ir lenkų legionierių. 1920–1923 m., įtvirtinant Lietuvos nepriklausomybę, ypač pasižymėjo Perlojos šauliai – pertvarkytas apsaugos būrys,- kartu su Lietuvos kariuomene dalyvavę svarbiuose mūšiuose su priešininkais ar savarankiškai saugoję neutralioje zonoje atsidūrusią Perloją ir jos apylinkes. 1923 m. nustačius demarkacinę liniją tarp Lietuvos ir Lenkijos, Perloja liko Lietuvos teritorijoje, o kitas Merkio krantas jau priklausė Lenkijai.
1928–1930 m. Perlojoje pastatyta nauja mūrinė bažnyčia, o 1931 m. liepos 19 d. atidengtas paminklas didžiajam kunigaikščiui Vytautui pagerbti su užrašu; „Vytaute Didysai! Gyvas būsi, kol gyvas nors vienas lietuvis“. Šį paminklą kaip laisvės simbolį po Antrojo pasaulinio karo valdžios atstovai ne kartą mėgino nugriauti, tačiau paminklas išliko, nes perlojiškiai tam trukdė, be to jį statant jo viduje buvo įlieti geležinkelio bėgiai ir daug armatūros.
Pokario metais keliasdešimt asmenų išėjo į miškus ir aktyviai įsijungė į pietų Lietuvos partizanų gretas. „Už Perloją ir visą Lietuvą“ žuvusiems partizanams atminti Perlojoje 1995 m. pastatytas paminklas. Kaip ir visoje Lietuvoje taip ir Perlojoje 1941–1951 m. vyko trėmimai į Sibirą. Tuo laikotarpiu per 7 kartus buvo ištremta apie 27 šeimos. Buvo sunaikinta 18 ištremtųjų sodybų.
1950 m. įkurtas „Gegužės pirmosios“ kolūkis, kuris 1959 m. tapo eksperimentiniu ūkiu. Jo funkcijos buvo moksliniais pagrindais tvarkyti augalininkystę ir gyvulininkystę. Tai buvo turtingas ir vienas respublikoje geriausių ūkių, priklausęs Lietuvos SSR žemdirbystės instituto bandymų stočiai. 1991 m. eksperimentinis ūkis reorganizuotas į žemės ūkio bendrovę, kuri 1997 m. visiškai likviduota.
1959 m. kartu su eksperimentiniu ūkiu buvo įkurta ir Lietuvos žemdirbystės instituto Perlojos bandymų stotis. Jos įkūrimo tikslas buvo sukurti žemdirbystės sistemą, tinkančią Pietryčių Lietuvos zonai, t. y. parinkti tinkamas sėjomainas, tobulinti žemėnaudą, numatyti priemones, kaip pagerinti lengvas smėlio ir priesmėlio dirvas ir racionaliai jas naudoti, nustatyti tinkamiausią lauko augalų agrotechniką. Tokia stotis yra vienintelė visoje Alytaus apskrityje.
Sovietmečiu Perlojoje pastatyta nemažai alytnamių, prekybos centras (parduotuvė ir valgykla; architektas E. Beinortas).
Perlojos apylinkėse iki XIX a. pabaigos buvo paprotys iš medaus daryti „Velykų gėrimą“ midų. Į užvirintą vandenį įdėdavo žiupsnelį susmulkintų aviečių stiebelių, paskui įkrėsdavo medaus. Medui ištirpus ir skysčiui ataušus, leisdavo parūgti. Paskui gėrimą supilstydavo į butelius. Velykų midus būdavęs daromas rudenį arba žiemą, nes išlaikytas esąs geresnis. Nusisekęs midus būdavęs rudos spalvos, tįsus, lipnus.
↑Perloja. Lietuviškoji tarybinė enciklopedija, VIII t. Vilnius: Mokslo ir enciklopedijų leidybos institutas, 1981. T.VIII: Moreasas-Pinturikjas, 563 psl.
↑Perloja. Tarybų Lietuvos enciklopedija, T. 3 (Masaitis-Simno). – Vilnius: Vyriausioji enciklopedijų redakcija, 1987. // psl. 354