1990 m. Vilniaus lenkai siekė, kad jų vaikai mokytųsi lenkiškai. Daugelis tuometinių lenkų mokyklų buvo įkurtos rusų mokyklose ir darželiuose, dirbo dviem pamainomis.
1992 m. susikūrė organizacija, padėjusi statyti naują lenkų mokyklą Vilniuje. Organizacijos nariai Česlav Okinčic, Adam Blaškevič, A. Mileišo, K. Žabelovič, B. Sobieski, J. Čiž, Česlavas Mickievič, H. Malevski, T. Sokolovska stengėsi gauti lėšų mokyklai statyti. Padėjo daugybė žmonių visame pasaulyje. Didžiausią sumą (344 000 JAV dolerių) skyrė Lenkijos Senatas, padėjo profesorius J. Borovski, E. Smoktunovič, Lenkijos ambasadorius profesorius Jan Vidacki ir generalinis konsulas D. Rzenieševski. Statybos darbus rėmė ir būsimų mokinių tėvai. Mokyklą statė įmonė „Vilprim“ (direktorius P. Skrinskas). Statybą prižiūrėjo Vilniaus miesto savivaldybė ir „Kapitalinė statyba“.
1994 m. statant mokyklą, tapo aišku, kad pastatas per mažas. Mokykloje mokytis turėjo 900 mokinių, o 1995 m. mokėsi 1772, 1997 m. mokėsi 2250 mokinių. I, II klasių pradinukai išsibarstė po 6 vaikų darželius. Mokyklos bendruomenė ėmė brandinti mintį reorganizuoti mokyklą į pagrindinę ir vidurinę. 2002 m. susikūrė dvi mokyklos: Vilniaus Jono Pauliaus II pagrindinė mokykla Justiniškėse, Rygos g. 10 ir Jono Pauliaus II vidurinė mokykla, nuo 2004 m. gimnazija Karoliniškėse, V. Druskio g. 11/7.
