1930–1939 m. dirbo kariuomenės Generaliniame štabe, kariuomenės inspekcijos pėstininkų skyriaus viršininkas, pėstininkų inspektorius. 1935 m. brigados generolas. 1939 m. balandžio 12 d. I pėstininkų divizijos vadas, 1939 m. birželio 13 d. divizijos generolas. Lietuvos kariuomenės Vilniaus rinktinės vadas. 1939 m. rudenį Vilniaus rinktinės žygis prasidėjo tose pačiose Širvintų apylinkėse, kur 1920 kovų už nepriklausomybę metu Vincas Vitkauskas buvo sunkiai sužeistas.
1940 m. rugpjūčio 27 d. paskirtas LR Krašto apsaugos ministerijos Lietuvos kariuomenės Vyriausiosios likvidacinės komisijos pirmininku.[5] 1940 m. rugpjūčio mėn. – 1941 m. birželio mėn. vadovavo Raudonosios armijos 29-ajam teritoriniam šaulių korpusui. 1941 m. birželio-gruodžio mėn. Maskvoje mokėsi Aukštųjų vadų tobulinimosi kursuose prie Generalinio štabo akademijos iš kurios daugelis buvusios Lietuvos kariuomenės aukštesniųjų karininkų (generolai, majorai) buvo suimti ir sušaudyti Gorkio (Tulos) kalėjime. 1942–1945 m. dėstė Frunzės karo akademijoje Maskvoje.