1559 m. kovo 18 d. salą atrado portugalų jūrininkas Rui Melas da Kamara (Rui Melo da Câmara) ir pavadino savo laivo São Paulo („Šv. Paulius“) vardu. Vėliau 1618 m. salą pasiekė olandas Harvikas Klaesas de Hilegomas (Harwick Claesz de Hillegom). XVIII–XIX a. Šv. Pauliaus saloje lankydavosi ruonių medžiotojai. 1843 m. saloje išsilaipino ir ją Prancūzijos valda paskelbė prancūzai iš Reuniono, tačiau tik 1892 m. Šv. Pauliaus sala oficialiai tapo Prancūzijos valda, o nuo 1924 m. valdyta kaip Madagaskaro kolonijos dalis.