Tidak seperti Polis Diraja Malaysia, Agensi Polis Negara Jepun tiada pegawai polis sendiri. Sebaliknya, peranannya adalah menetapkan piawaian dan dasar am, namun sewaktu darurat negara atau bencana besar, agensi ini dibenarkan untuk memerintah angkatan-angkatan polis wilayah. Dasar Agensi Polis Negara sendiri ditetapkan oleh Suruhanjaya Keselamatan Awam Negara.
Pertubuhan
Pesuruhjaya Am Agensi Polis Negara, pegawai polis berpangkat tertinggi (警察庁長官 Keisatsu-chō Chōkan)
Timbalan Pesuruhjaya Am (次長 Jichō)
Urusetia Pesuruhjaya Am (長官官房 Chōkan Kanbō)
Biro Keselamatan Masyarakat (生活安全局 Seikatsu Anzen-kyoku)
Biro Penyiasatan Jenayah (刑事局 Keiji-kyoku)
Jabatan Jenayah Terancang (組織犯罪対策部 Soshiki Hanzai Taisaku-bu)