Banega speelde vanaf 2000 in de jeugd bij Boca Juniors. Op 10 februari 2007 debuteerde hij in het eerste elftal van de Argentijnse topclub tegen Banfield. Hetzelfde jaar won Banega met Boca Juniors de CONMEBOL Libertadores. Als winnaar van deze Zuid-Amerikaanse clubcompetitie nam hij met zijn club deel aan het FIFA WK voor clubs in december 2007. Banega tekende in januari 2008 vervolgens een contract voor vijfeneenhalf seizoen bij Valencia, dat €18.000.000,- voor hem betaalde aan Boca Juniors[2]. Op 13 januari 2008 maakte de middenvelder tegen Atlético Madrid zijn debuut in de Primera División. Banega overtuigde Los Chés niet direct en werd voor het seizoen 2008/09 verhuurd aan Atlético Madrid. In het seizoen 2009/10 veroverde hij wel een basisplaats bij Valencia, maar onomstreden werd hij er nooit. De club liet hem in augustus 2014 uiteindelijk voor €2.500.000,- vertrekken naar competitiegenoot Sevilla. In september 2020 vertrok Banega voor drie seizoen naar het SaoedischeAl-Shabab.
In januari 2008 verscheen kort na zijn overgang naar Valencia en nog voordat dat Banega een wedstrijd voor de club had gespeeld een seksueel getint filmpje van hem op internet. Het filmpje, getiteld Banega, grande desde siempre (Banega, altijd groot), was gemaakt via een webcam en omvatte een scène waarin Banega masturbeerde.[3]
In februari 2012 blesseerde Banega zichzelf doordat hij aangereden werd door zijn eigen auto, nadat hij vergat die op de handrem te zetten. Nog geen zes maanden later kwam hij weer in het nieuws, nu omdat zijn €250.000,- euro kostende Ferrari 360 volledig uitbrandde tijdens een ritje door de stad.
.svg){kind=small}
