Het aartsbisdom werd opgericht op 11 september 1562, als bisdom Santafé en Nueva Granada, uit delen van het opgeheven bisdom Santa Marta, en was suffragaan aan het aartsbisdom Santo Domingo. Twee jaar later op 22 maart 1564 werd het verheven tot metropolitaan aartsbisdom. Op 8 juni 1898 veranderde het van naam naar aartsbisdom Bogota.