Het bisdom Boston ontstond op 8 april 1808 als afsplitsing van het aartsbisdom Baltimore. Het besloeg de staten Massachusetts, Maine, New Hampshire, Rhode Island, Connecticut en Vermont. Het bisdom bleef wel suffragaan aan Baltimore. Op 28 november 1843 werd het nieuwe bisdom Hartford van het grondgebied afgesplitst, op 29 juli 1853 de bisdommen Burlington en Portland, op 14 juni 1870 het bisdom Springfield en op 16 februari 1872 het bisdom Providence. Op 12 februari 1875 werd Boston verheven tot aartsbisdom.
Binnen het aartsbisdom leidden een groot aantal processen tegen seksueel misbruik binnen de Rooms-Katholieke Kerk onder andere tot het aftreden van aartsbisschop Bernard Francis Law in 2002. Een bijkomend schandaal betrof het bankroet van het bisdom, waardoor opvolger Seán Patrick O'Malley zich in 2004 genoodzaakt zag het bisschopshuis te verkopen aan het Boston College.
