In 1949 werd hem door Willem Sandberg gevraagd om de Cobra tentoonstelling in het Stedelijk Museum Amsterdam in te richten. Van Eyck had vanaf 1951 een architectenbureau. In 1952 ontwierp hij samen met Constant Nieuwenhuijs een ruimte voor de tentoonstelling ‘Mens en huis’ van 1952-1953 in het Stedelijk Museum Amsterdam. Van 1971 tot 1982 werkte hij samen met architect Theo Bosch, en vanaf 1982 tot zijn overlijden samen met zijn vrouw onder de naam A. & H. van Eyck. Het bureau is daarna door Hannie van Eyck voortgezet, waarbij zij samenwerkte met Abel Blom, zoon van architect Piet Blom.
Afrikaanse volksarchitectuur (de kashba en de architectuur van de Dogon in Mali) was een van zijn belangrijkste inspiratiebronnen; sanatorium Zonnestraal vond hij zelf het mooiste gebouw; en Jan Duiker was volgens Van Eyck de beste architect van de wereld.
Aldo van Eyck overleed in 1999 op tachtigjarige leeftijd. In juli 2017 besloot de Gemeente Amsterdam brug 413 voortaan aan te duiden als de Aldo van Eyckbrug, de brug zelf is ontworpen door Piet Kramer.
↑Data op basis van gegevens Bonas/NAi. Van Eyck is in de nacht van woensdag op donderdag overleden. Ook 14 januari wordt door diverse bronnen genoemd als overlijdensdatum.