Bonaparte werd geboren met de familienaam Napoléon Bonaparte, maar verkreeg in 1998 rectificatie tot Napoléon terwijl hij in 2012 geslachtsnaamwijziging verkreeg tot Bonaparte.
Anh Laetitia Napoléon (22 april1998) (adoptiefdochter)
Hoofd van het huis Bonaparte
Na het overlijden van zijn vader werd hij hoofd van de familie Bonaparte. Zijn vader, die ontevreden was over zijn scheiding, tweede huwelijk én politieke opvattingen, onterfde hem bij testament van 1996 (bekend geworden in 1997) van 'dynastieke rechten' en wees zijn kleinzoon Jean-Christophe aan als zijn opvolger als het hoofd van het huis Bonaparte. Charles vecht het testament sinds 1997 aan. Sommige monarchisten beschouwen niettemin Jean-Christophe als hoofd van het huis Bonaparte. Charles, overtuigd republikein, heeft gezegd in het openbaar dit nooit tussen zijn zoon en hem te laten komen.
Loopbaan
Charles begon zijn loopbaan als ingenieur en was later president-directeur van een makelaardij.
In 2001 stelde hij zich kandidaat bij de gemeenteraadsverkiezingen in Ajaccio, overigens de geboorteplaats van keizer Napoleon I en diens broers, onder wie zijn voorouder koning Jérôme van Westfalen. Tussen 2001 en 2008 was hij adjunct-burgemeester van die stad. Hij is lid van het bureau van het Sociaal-economisch en cultureel comité van de Parti Socialiste (Frankrijk).