Emmanuel Magnien (Sedan, 7 mei1971) is een voormalig Franswielrenner. Zijn carrière begon in 1993. Tot 2003 was hij als professioneel wielrenner actief.
Op 28 juli 1998 bekende hij, samen met Gilles Bouvard eveneens van Festina, doping gebruikt te hebben. In 2000 schorste het Internationale Hof voor Arbitrage in de Sport in Lausanne hem voor zes maanden, waarvan drie voorwaardelijk, omdat hij tijdens de Ronde van Frankrijk 2000 positief werd bevonden. In zijn urine werden sporen van corticoïde gevonden.