In 1602 trad Casimir VI af en volgde Frans hem op als administrator van Cammin. Hij vestigde zijn hofhouding in het kasteel van Köslin. Om de economische positie van zijn land te versterken, richtte hij in het kasteel een munt op, maar hij werd al snel beschuldigd van valsmunterij. In 1604 bood koning Karel IX van Zweden hem het commando over een regiment aan, maar om de neutraliteit van Pommeren in de Pools-Zweedse Oorlog niet in het geding te brengen, ging Frans niet op het aanbod in. In 1606 overleed Frans' vader Bogislaw XIII en verdeelden hij en zijn broers de erfenis. Frans kreeg hierbij het bestuur over het Amt Bütow toegewezen, dat echter onderdeel bleef van het hertogdom Pommeren-Stettin.
De eerste jaren van zijn regering reisde Frans veel, waarbij hij verschillende Duitse vorstenhoven bezocht. Hij hoopte zo een geschikte huwelijkskandidaat te vinden. In 1604 mislukte de besprekingen voor een huwelijk met een van de dochters van hertog Albrecht Frederik van Pruisen. Frans' tante Erdmuthe, de weduwe van hertog Johan Frederik, begon vervolgens besprekingen met haar zus Sophia, de keurvorstin van Saksen, om Frans te koppelen aan haar dochter Sophia. Het huwelijk werd uiteindelijk in 1610 gesloten.
Na het overlijden van zijn oudste broer Filips II volgde Frans hem op als hertog van Pommeren-Stettin. Frans stond Cammin en Bütow af aan zijn jongere broer Ulrich. In Stettin liet Frans de westvleugel van het kasteel afbouwen, waar de kunstcollectie van de hertogen ondergebracht werd.
Als hertog is Frans vooral bekend door een heksenproces dat tijdens zijn regering plaatsvond. Sidonia von Borcke, een adellijke dame die in het klooster getreden was, werd in 1619 beschuldigd van hekserij. Ze zou verantwoordelijk zijn voor de kinderloze dood van de verschillende Pommerse hertogen en de dood van hertog Filips II op haar geweten hebben. Nadat ze verhoord en gefolterd was, werd Sidonia in september 1620 veroordeeld. Ze werd vlak buiten de muren van Stettin onthoofd. Haar lichaam werd verbrand.
Frans stierf op 27 november 1620, nadat hij plotseling ziek geworden was. Hij werd begraven in de Slotkerk in Stettin.
↑Bij het schrijven van dit artikel is gebruikgemaakt van de volgende bron: (de) D. Schleinert (2012): Pommerns Herzöge: Die Greifen im Porträt, eerste druk, Hinstorff Verlag, Rostock, blz. 80-82.