De in Kaltenbach geboren Totschnig werd beroepswielrenner in 1994 bij het Italiaanse Polti, waar hij zich meteen ontpopte als een getalenteerd ronderenner: in zijn debuut in de Ronde van Italië werd hij meteen dertiende. Een jaar daarop werd hij negende in de Giro en nog een jaar later zesde in de Ronde van Spanje. Totschnig verruilde vervolgens zijn ploeg voor het Team Deutsche Telekom. In dat jaar, 1997, boekte hij eindelijk zijn eerste zeges als prof: hij won een etappe in de Ronde van Castilië en León en werd kampioen van Oostenrijk in zowel de weg- als de tijdrit. Totschnig bleef echter vooral ereplaatsen rijden: zo werd hij twee keer tweede in de Midi Libre, tweede en vijfde in de Ronde van Catalonië en tweede in de Ronde van Oostenrijk, die hij uiteindelijk in 2000 wist te winnen.
Totschnig stapte vervolgens in 2001 over naar Team Gerolsteiner. Voor zijn nieuwe team werd hij nog diverse malen Oostenrijks kampioen, werd vierde en vijfde in de Ronde van Zwitserland (waarin hij in 2004 een etappe won), vijfde en zevende in de Ronde van Italië en twaalfde in de Ronde van Frankrijk van 2003. Het volgende seizoen richtte hij zich volledig op de Tour, wat hem uiteindelijk een zevende plaats opleverde. Totschnig behoort hiermee tot het selecte gezelschap van renners die in alle drie de grote rondes in de top tien zijn geëindigd. In de Tour van 2005 moest Totschnig het leiderschap binnen de ploeg afstaan aan Levi Leipheimer, maar hij won wel een zware etappe in de Pyreneeën. Hiermee werd hij de eerste Oostenrijker sinds Max Bulla in 1931 die een Touretappe won. In Oostenrijk werd hij hierop uitgeroepen tot sportman van het jaar.
Na het seizoen 2006 stopte Totschnig met professioneel wielrennen. In 2013 en 2014 was hij ploegleider van Tirol Cycling Team.
