Some letters containing an account of what seemed most remarkable in Switzerland, Italy, 1686
In 1674 ging hij naar Londen en steunde de Whigs. In 1679 maakte hij furore bij de publicatie van zijn boek The History of the Reformation of the Church of England. Hij schreef nog twee delen, die uitkwamen in 1682 en 1714. Meer dan een eeuw lang bleef dit een standaardwerk, hoewel de Engelse katholieken bezwaar maakten tegen sommige passages.
In 1687 liet koning Jacobus II van Engeland Burnet vervolgen voor hoogverraad, terwijl hij in de Nederlanden was. Hij werd bij verstek veroordeeld, maar dankzij de bescherming van stadhouder Willem III van Oranje werd hij niet uitgeleverd.[1] De Staten-Generaal naturaliseerden hem en hij kreeg een lijfwacht tegen moordaanslagen.
Het is mogelijk dat een klein gezelschap van Whigs in de zomer van 1688 plannen maakte Jacobus II van Engeland ten val te brengen en de stadhouder uit te nodigden zijn opvolger te worden. Het initiatief is misschien ook van de stadhouder uitgegaan. In 1687 was Burnet naar de Republiek gereisd en aangesteld als een van de adviseurs van Willem III. In november 1688 reisde hij in het gevolg van de stadhouder naar Engeland. Als beloning werd Burnet tot bisschop van Salisbury benoemd.
