Guanosinedifosfaat speelt als cellulaire energiedrager en als afbraakproduct van guanosinetrifosfaat (GTP) een belangrijke rol. GDP ontstaat door hydrolyse van GTP door GTPasen. Het zorgt voor de desactivering van het G-proteïne, een enzym dat in geactiveerde toestand zorgt voor signaaltransductie in en tussen de cellen. GDP kan binden aan het α-deel en op deze manier het enzym desactiveren.